蛋白质是构成身体的重要成分，锦鲤的血液、内脏、肌肉、鳞片、皮肤等都是由蛋白质构成的。而且在抵抗疾病的抗体的主要成分就是蛋白质。所以蛋白质在锦鲤养殖过程中同样占着很大一部分作用。锦鲤饵料中的蛋白质是为了保证鱼儿健康生长的基本因素。如果锦鲤对蛋白质的摄取不足，会使锦鲤造成蛋白质缺乏症，使锦鲤消瘦、抵抗力下降，严重的话就会直接导致锦鲤的死亡。
锦鲤对蛋白质的摄取在不同时期是不同的，同样锦鲤在水温变化对蛋白质的需求也是不同的。水温在锦鲤养殖中也是一个必要考虑的环境因素，水温会影响锦鲤的生长发育及代谢强度。一般情况下，水温较低时对于蛋白质的摄取量相对而言是很大的，而水温较高时，对于蛋白质的摄取量就需要减少了。
蛋白质在种类上可以分为：植物性蛋白质和动物性蛋白质。从营养摄取价值方面来看，不管是其氨基酸的组成还是对消化吸收的影响，对锦鲤来说动物性蛋白质比较优越。所以锦鲤本身对蛋白质的摄取主要来自于饵料中的动物性蛋白质，例如：鱼粉、肝脏粉、水生动物等。当然也会有一些植物性蛋白，例如：花生粕、亚麻籽粕等。
在水温变化上，我们可以根据水温情况来配合不同含有蛋白质饵料的用量，当温度较高时，锦鲤对于氨基酸的利用率就会上升，对食物的摄取量也会大大增多。所以要减少饵料中含有的蛋白质。例如：夏季就需要减少蛋白质的摄取量。
对于蛋白质的需求，不仅要考虑到水温（季节）情况，还有考虑鱼类的生长阶段以及蛋白质的质量。
